质控后得到的序列以97%的相似性聚类得到OTU，再比对到微生物数据库进行注释，分别按照门、纲、目、科、属、种统计物种的相对丰度。
Alpha多样性是对单个样品中物种多样性的分析，包括物种组成的丰富度和均匀度，其中Rank abundance可同时直观地反应上面提到的两点。
Beta多样性是对样品间的微生物群落组成多样性的比较，前提是在各样品序列数量一致的情况下进行。根据样品的OTU丰度信息表格计算Braycurtis距离并最终得到样品之间的相似关系。
Anosim和Adonis都是通过计算组间的检验值而判断是否具有显著差异性，而LEfSe分析使用了非参数因子Kruskal-Wallis秩和检验找出不同分组间丰度差异显著的物种，并在此基础上利用成组的Wilcoxon秩和检验来进行组间差异分析，并采用线性判别分析（LDA）来估算不同病毒丰度对差异效果的影响。
RDA/CCA分析主要反映菌群与环境因子之间关系，寻找硬性样品中微生物群落分布的重要环境驱动因子，需要客户提供环境因子数据，如pH、温度和湿度等。
