全长16S测序的优势和劣势是什么？

全长16S测序可以得到更长的读长和更全的扩增区域，基于此，与传统基于二代平台上的16S测序相比，可以得到更细致的物种分类和更多物种注释信息。当然，全长16S的缺点也很明显，就是成本比较高，所以该如何选择，需要具体看研究目的了。

在全长16S测序中，增加测序量（CCS的数目）是否可以得到更好的结果（分辨率）呢？

一般情况下，5000 CCS reads能满足各类样本的研究需要，若客户的样本的微生物种类非常丰富，或者客户对微生物的分类要求更高，则可推荐更高测序数据量。 鉴于文献，若需要鉴定到种水平，且保证OTUs数量能够覆盖样品中97%以上的微生物，各类型样品所需数据量如下：肠道、粪便样本：3000-4000条reads；水体样本：3000-4000条reads；土壤样本：4000-5000条reads。